El Ministerio de Agricultura y Ganadería tiene su órgano de Auditoría Interna el cual funciona en forma independiente de otras unidades de auditoría interna establecidas en órganos desconcentrados del Ministerio. La función de auditoría interna del Instituto Nacional de Innovación y Transferencia en Tecnología Agropecuaria (INTA), del Servicio Fitosanitario del Estado (SFE) y del Servicio Nacional de Salud Animal (SENASA), es ejercida por sus respectivas auditorías internas en forma independiente de la Auditoría Interna del MAG, por lo cual los asuntos correspondientes a esos órganos desconcentrados y en que se requiera la participación de la función de auditoría interna deben ser tramitados ante esos órganos de fiscalización.